Aquesta secció es crea l’any 1990. Anteriorment, l’Arxiu Nacional d'Andorra havia intervingut de forma puntual en diferents fons d’arxiu. D’ençà l’any 1991, existeix un pla d’accions per a la conservació del material d’arxiu que s’estructura en dues grans línies: la conservació dels fons (mesures materials: condicions de conservació de dipòsits, desinfecció, etc. i microfilmació) i restauració de peces segons l’estat de conservació que presentin o segons criteris d’importància històrica i cultural, peces úniques.

La línia d’actuació, a l’hora de realitzar la gestió en la secció, és la de restaurar la major part possible de documentació al taller de l’Arxiu Nacional d'Andorra. Quan la quantitat de fons desborda la infrastructura del taller es contracten els serveis d’altres tècnics o tallers de restauració externs a l'Administració.

Aquestes mesures s’apliquen a aquells fons documentals que resten en dipòsit a l’Arxiu Nacional d'Andorra . D’altra banda, tenim fons documentals que són custodiats per les institucions que els generen, com per exemple els arxius comunals, parroquials i familiars.

La secció de Conservació i restauració porta a terme la gestió de conservació i restauració d’aquests fons d’arxiu, s’encarrega del control periòdic, del seu seguiment i correcta conservació (fitxes de control). Malgrat aquesta actuació, la conservació d’aquest fons depèn, en última instància, de les institucions o propietaris que els custodien.

El volum de documents que són tractats a l’Arxiu Nacional d'Andorra, tot i que és important, és molt assumible, la qual cosa permet posar en pràctica un pla de conservació i recuperació de manera individualitzada.